IDEAC está dirigido por una Asamblea General compuesta por 21 profesionales y técnicos de diferentes areas. Esta elige cada 2 años democráticamente una Junta Directiva de siete (7) miembros, que tiene las funciones de realizar todos los actos de dirección, tales como definir políticas administrativas, crediticia, de planificación y desarrollo para operativizar las estrategias y políticas emanadas de la Asamblea General. La Junta Directiva está compuesta por :

• Un Presidente,
• Un Vicepresidente,
• Un Secretario de Finanzas,
• Un Secretario,
• Dos Comisarios de Cuentas,
• Un Vocal.

Esta junta designa un/a Director/a Ejecutivo/a quien es responsable de coordinar toda la parte operativa y ejecutiva de la institución. De la Dirección Ejecutiva dependen las Gerencias de Capacitación y Formación Solidaria, de Desarrollo Gerencial y Organización social, la Coordinación de Monitoreo de Planes y Proyectos de Cooperación, la Coordinación de Operaciones económicas y negocios y Coordinación de Contabilidad y Auditoria.